تعد الأمانة العامة لهيئة كبار العلماء، حلقة الصلة بين الهيئة ورئاسة البحوث العلمية والإفتاء، وترتبط بسماحة مفتي عام المملكة رئيس هيئة كبار العلماء الرئيس العام للبحوث العلمية والإفتاء كما أنها منصة رئيسية لمكافحة الإرهاب والغلو والعمل على تحقيق الأمن الفكري.
وتتولى الأمانة، اتخاذ الترتيبات لعقد جلسات هيئة كبار العلماء العادية والطارئة وتسجيل ما يصدر عنها من محاضر وقرارات وبيانات، والإشراف على توفير احتياجات الهيئة ولجنتها الدائمة من البحوث والدراسات والمعلومات، وتزويد وسائل الإعلام بالمعلومات المتعلقة بنشاطات الهيئة ولجنتها الدائمة وقراراتها والإجابة عن استفساراتها، إضافة إلى الإشراف على تنظيم وحفظ كل ما يصدر عن الأمانة واللجنة الدائمة من محاضر وقرارات وبيانات وفتاوى ومكاتبات وفق النظام المعتمد في الرئاسة بما يساعد على استرجاعها والتنسيق مع مركز الحاسب الآلي للاستفادة من الإمكانات التقنية في هذا المجال. ونفذت الأمانة العامة لهيئة كبار العلماء هذا العام عدداً من البرامج يمكن استعراضها من خلال عدة محاور. وهى :
صحيفة يومية تصدر عن مؤسسة المدينة للصحافة والنشر
