وقام التونسي بالاستيلاء على أصول وممتلكات الجامعة والحقوق المادية والفكرية لها، المقدرة بقيمة مالية بلغت 4 مليارات جنيه.
واتهمت جهات التحقيق سيد التونسي بالتلاعب في ميزانية الجامعة لعامي 2015- 2016 وإثبات بيانات بها على خلاف الحقيقة، بخفض رأس مال الجامعة من 955 مليون جنيه إلى 20 مليون جنيه فقط، وصرفه مبلغ 65 مليون جنيه مكافأة نهاية الخدمة لنفسه عقب إحالته للمعاش، بالرغم من كونه "رئيس مجلس أمناء" ولا يُعد من العاملين المستحق لهم صرف مكافأة نهاية الخدمة، والاستيلاء على فائض الميزانية للجامعة لعامي 2015 – 2016، ومحاولته غسل تلك الأموال المتحصلة من نشاطه الإجرامي عن طريق شراء الوحدات السكنية باسم نجله بإحدى الدول وتأسيس الشركات - شراء السيارات، وكذا إيداع بعض من تلك الأموال بمختلف البنوك بحسابات خاصة به وبأفراد أسرته بقصد إخفاء مصدرها وإصباغها بالصبغة الشرعية، وإظهارها وكأنها ناتجة عن كيانات مشروعة.. حيث قدرت أفعال غسل الأموال من متحصلات نشاطه الإجرامي بـ100 مليون جنيه.