وتشير المصادر التاريخية إلى أن موضع المسجد يُعدُّ من المواقع التي صلى فيها النبي -صلى الله عليه وسلم- صلاة العيد خارج المسجد النبوي، ثم صلى فيه أبو بكر الصديق بالناس خلال فترة خلافته.
وعلى الصعيد المعماري، مر المسجد بعدة مراحل من الترميم والتجديد عبر العصور الإسلامية، وصولًا إلى العهد السعودي، حيث حظي بالعناية والصيانة ضمن جهود الحفاظ على المساجد والمواقع التاريخية في المدينة المنورة.
ويظل مسجد أبو بكر الصديق معلمًا دينيًا وتاريخيًا يستحضر سيرة أحد أعظم رجالات الإسلام، ويجسد ارتباط المدينة المنورة بالمراحل الأولى من التاريخ الإسلامي، بما يعزز من قيمته الإيمانية والحضارية لدى الزائرين والمهتمين بتاريخها.
